Сравнение деревьев, укоренение, бутстреп
Задание 1: укоренение с использованием внешней группы
Необходимо реконструировать укорененное дерево методом максимальной экономии. Программа MEGA не будет автоматически укоренять деревья, построенные методом максимальной экономии, в среднюю точку. Это происходит из-за того,что этот метод не учитывает длины ветвей. В связи с этим мне придётся воспользоваться укоренением с помощью внешней группы. Метод поиска точки укоренения с помощью внешней группы состоит в следующем:
1. К белкам исследуемых организмов (все белки из одного семейства) надо добавить белок/белки из видов, имеющих более раннего предка, чем исследуемые нами. (в качестве внешней группы я использовала белок того же семейства - RF1 из E.coli)
2. Стороим совместное выравнивание исследуемых последовательностей и внешней последовательности (я сделала это в программе Jalview)
3. Стороим по выравниванию дерево (я реконструировала дерево методом максимальной экономии в программе MEGA)
4. Укореняем дерево в ветвь, разделяющую внешнюю группу и группу исследуемых организмов
(для этого в меню Subtree надо выбрать Root и указать в качестве корня ветвь, ведущую к ECOLI.)5. Удаляем аутгруппу, получая изображение укоренённого дерева (надо воспользоваться кнопкой "Show Subtree Separately")
Задание 2: бутстрэп
Далее я проводила сравнение двух реконструкций с "Original tree"(Рис.3). Первое филогенетическое дерево было построено методом максимальной экономи (Рис.1), второе (Рис.2) - тем же методом, только с проведением бутстрэп-анализа филогении белков. Число реплик указано - 100.
Рис.1
Рис.2
Рис.3
Мы можем видеть, что оба реконструированных дерева отличаются от правильного. Довольно странно, ведь считается, что реконструкции, полученные с использованием bootstrap, лучше, чем без него. Зато bootstrap позволяет нам оценить достоверность каждой ветви по "бутстрэп-поддержке". Над каждой ветвью указан процент деревьев, в котором встретилась данная ветвь. (близость определяется по числу общих ветвей) Верно ли, что неправильные ветви (если они присутствуют в полученной реконструкции) имеют меньшую поддержку, чем правильные?